उत्तर प्रदेश में अल्पसंख्यकों के अधिकारों और हितों की रक्षा के लिए 1969 में एक सदस्यीय समिति की स्थापना की गई, जिसके बाद 1974 में पांच सदस्यीय आयोग का गठन किया गया।

1994 में उत्तर प्रदेश अल्पसंख्यक आयोग अधिनियम, 1994 (जैसा कि 2013 में संशोधित किया गया) के अधिनियमन के माध्यम से आयोग को वैधानिक दर्जा दिया गया, आयोग में एक अध्यक्ष और 8 सदस्य हैं, जिनमें 2 महिला सदस्य शामिल हैं। माननीय अध्यक्ष और माननीय सदस्यों का कार्यकाल 3 वर्ष निर्धारित किया गया है।